Państwo członkowskie Unii może nie wykonać europejskiego nakazu aresztowania w trzech sytuacjach:

• przestępstwo w państwie wykonującym nakaz zostało objęte amnestią,
• istnieje już prawomocne orzeczenie dotyczące tego samego przestępstwa popełnione przez tę samą osobę wydane przez jedno z państw członkowskich (zasada „ne bis in idem” – oznaczająca brak orzekania dwa razy w tej samej sprawie),
• wiek osoby podlegającej nakazowi aresztowania uniemożliwia bycie pociągniętym do odpowiedzialności w Państwie wykonującym nakaz,

Istnieją również inne warunki, które owocują odmową wykonania nakazu (np. ustawowy zakaz ścigania karnego lub ukarania zgodnie z prawodawstwem wykonującego nakaz państwa członkowskiego, prawomocne orzeczenie w państwie trzecim odnośnie tych samych czynów itd.) – w każdej takiej sytuacji, odmowa powinna być uzasadniona.